[1]贺丹,吴芳芳,张佼蕊,等.牡丹转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J].江苏农业学报,2019,(06):1428-1433.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2019.06.023]
　HE Dan,WU Fang-fang,ZHANG Jiao-rui,et al.Analysis of SSR information in transcriptome and development of molecular markers in Paeonia suffruticosa[J].,2019,(06):1428-1433.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2019.06.023]
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牡丹转录组SSR信息分析及其分子标记开发()
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江苏农业学报[ISSN:1006-6977/CN:61-1281/TN]

卷:
期数:
2019年06期
页码:
1428-1433
栏目:
园艺
出版日期:
2019-12-31

文章信息/Info

Title:
Analysis of SSR information in transcriptome and development of molecular markers in Paeonia suffruticosa
作者:
贺丹1; 2; 吴芳芳1; 张佼蕊1; 谢栋博1; 李小康3; 刘艺平1; 栗燕1; 何松林1; 2
（1.河南农业大学林学院，河南郑州450002；2.河南科技学院园艺园林学院，河南新乡453000；3.郑州市植物园，河南郑州450002）
Author(s):
HE Dan1; 2; WU Fang-fang1; ZHANG Jiao-rui1; XIE Dong-bo1; LI Xiao-kang3; LIU Yi-ping1; LI Yan1; HE Song-lin1; 2
（1.College of Forestry, Henan Agricultural University, Zhengzhou 450002, China;2.College of Horticulture Landscape Architecture， Henan Institute of Science and Technology, Xinxiang 453000, China;3.Zhengzhou Botanical Garden, Zhengzhou 450002, China）
关键词:
牡丹; 转录组; SSR; 多态性
Keywords:
Paeonia suffruticosa; transcriptome; simple sequence repeat(SSR); polymorphism
分类号:
S685.11
DOI:
doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2019.06.023
文献标志码:
A
摘要:
利用Misa软件对牡丹转录组数据进行SSR信息分析和分子标记开发，并通过PCR扩增进行引物多态性分析。结果显示，对牡丹转录组测序获得的131 265条Unigene进行筛选，共获得44 181个SSR位点，分布于38 316条Unigene中，SSR的发生频率和平均分布距离分别为29.19% 和2.23 kb。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型，分别占SSR总数的75.19%、15.02% 和6.88%。依据转录组中的SSR信息序列，随机合成60对引物在16份牡丹品种中进行多态性扩增，其中15对引物表现出多态性，各个位点的等位基因数为4～13个，平均等位基因数8.13个，观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、香农多样性指数（I）、多态信息含量（PIC）的平均值分别是0.757 8、0.790 3、1.718 6和0.730 8。
Abstract:
In this study, the Misa software was used to analyze the simple sequence repeat(SSR) information of the peony transcriptome data and develop the molecular markers. The primer polymorphism was analyzed by PCR amplification. The results showed that 131 265 unigenes were obtained from transcriptome sequencing. The 44 181 SSRs included mono-, di-, tri-, tetra-, penta-, and hexanucleotide motifs, which located in 38 316 unigenes were identified. The occurrence frequency and mean distribution distance of SSRs were 29.19% and 2.23 kb, respectively. The major repeat motifs were mononucleotide, dinucleotide and trinucleotide, which accounted for 75.19%, 15.02% and 6.88%, respectively. Sixty pairs of randomly chosen SSR primers were synthesized and amplified in sixteen Paeonia suffruticosa samples. From these, fifteen pairs of polymorphic SSRs were characterized. The number of alleles at each locus ranged from four to thirteen, which was averagely 8.13 per locus. The average values of observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), Shannon polymorohism index (I) and polymorphism information content (PIC) were 0.757 8, 0.790 3, 1.718 6 and 0.730 8, respectively.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2019-04-14 基金项目：国家自然科学基金项目（31600568）；河南农业大学科技创新基金项目（KJCX2015A03）；河南农业大学博士启动基金项目（30600408）；河南省科技攻关项目（192102110062） 作者简介：贺丹（1983-），女，河南新乡人，博士，讲师，主要从事园林植物育种研究。（E-mail）dandan990111@163.com 通讯作者：何松林，（E-mail）hsl213@yeah.net
更新日期/Last Update: 2020-01-09