[1]谢昆,蒋成砚,唐秀华,等.犬 γ-干扰素基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测[J].江苏农业学报,2016,(01):170-175.[doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2016.01.026]
　XIE Kun,JIANG Cheng-yan,TANG Xiu-hua,et al.Cloning and sequence analysis of canis γ-interferon gene and prediction of its protein structure[J].,2016,(01):170-175.[doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2016.01.026]
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犬 γ-干扰素基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测()
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江苏农业学报[ISSN:1006-6977/CN:61-1281/TN]

卷:
期数:
2016年01期
页码:
170-175
栏目:
畜牧兽医·水产养殖
出版日期:
2016-01-08

文章信息/Info

Title:
Cloning and sequence analysis of canis γ-interferon gene and prediction of its protein structure
作者:
谢昆12; 蒋成砚12; 唐秀华1; 周文树1; 王海荣1; 汪镜1
(1.红河学院生命科学与技术学院,云南蒙自661199；2.云南省高校农作物优质高效栽培与安全控制重点实验室,云南蒙自661199)
Author(s):
XIE Kun12; JIANG Cheng-yan12; TANG Xiu-hua1; ZHOU Wen-shu1; WANG Hai-rong1; WANG Jing1
(1.College of Life Science and Technology， Honghe University, Mengzi 661199, China；2.Key Laboratory of Crops with High Quality and Efficient Cultivation and Security Control, Yunnan Higher Education Institutions, Mengzi 661199, China)
关键词:
犬; γ-干扰素基因; 克隆; 序列分析; 蛋白质结构预测
Keywords:
canis; γ-interferon gene; cloning; sequence analysis; prediction of protein structure
分类号:
S858.292
DOI:
10.3969/j.issn.1000-4440.2016.01.026
文献标志码:
A
摘要:
根据GenBank上犬γ-干扰素基因（IFN-γ）序列（序列号WO318193），利用Primer 5.0软件设计特异性引物，应用RT-PCR技术从100 μg/ml ConA刺激24 h后的犬外周血淋巴细胞总RNA中扩增出γ-干扰素基因，测序后应用DNAStar软件对克隆的犬γ-干扰素基因进行序列分析，并与GenBank上发表的犬、牛、大熊猫、鸡、牦牛、人、猪、野猪、斑马鱼、土拨鼠等的IFN-γ基因序列进行同源性比较。结果显示，克隆的犬IFN-γ基因大小501 bp，编码166个氨基酸，与犬、牛、大熊猫、鸡、牦牛、人、猪、野猪、斑马鱼、土拨鼠IFN-γ基因的核苷酸序列同源性分别为98.4%、81.6%、26.1%、26.1%、22.7%、22.7%、80.8%、81.0%、28.5%和25.0%；氨基酸序列同源性分别为95.8%、72.5%、5.4%、5.4%、6.6%、6.6%、68.9%、69.5%、5.4%和5.4%。运用DNAstar软件对犬γ-干扰素进行蛋白结构预测的结果显示，犬γ-干扰素蛋白含有10个α-螺旋、9个β-折叠、11个β-转角和5个无规则卷曲。
Abstract:
Based on canis interferon(IFN) gene sequence on GenBank, specific primers were designed using Primer 5.0 software , and canis γ-IFN gene was amplified by RT-PCR from the RNA extracted from peripheral blood lymphocytes stimulated with ConA for 24 h. The cloned γ-IFN gene was a size of 501-bp fragment encoding 166 amino acids. The nucleotide sequence of the canis γ-IFN gene shared homologies of 98.4%,81.6%,26.1%,26.1%,22.7%,22.7%,80.8%,81.0%,28.5%, and 25.0% with canis on GenBank, buffalo, ailuropoda, chicken, yak, human, swine, wild boar, zebrafish, and marmot, respectively, and the amino acid sequence encoded by canis γ-IFN gene shared homologies of 95.8%,72.5%,5.4%,5.4%,6.6%,6.6%,68.9%,69.5%,5.4%,5.4% ,respectively .The protein structure predicted with DNAstar software reveals that he secondary structure of canis protein γ-IFN consists of ten α-helixes，nine β-folds，eleven β-corners and five random coils.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2015-05-30基金项目：云南省科技厅应用基础研究面上项目（2010ZC151、2010CD088）;红河学院博士专项项目（XJ15B13）作者简介：谢昆(1979-), 男,云南富民人, 博士研究生, 主要从事动物生物化学与分子生物学研究。(Tel)18314020659;（E-mail）xk_biology2@126.com
更新日期/Last Update: 2017-05-08