[1]管俊娇,杨晓洪,王江民,等.云粳系列水稻品种分子身份证的构建[J].江苏农业学报,2018,(06):1201-1206.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2018.06.001]
　GUAN Jun-jiao,YANG Xiao-hong,WANG Jiang-min,et al.Establishment of molecular identity for rice variety of Yunjing series[J].,2018,(06):1201-1206.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2018.06.001]
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云粳系列水稻品种分子身份证的构建()
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江苏农业学报[ISSN:1006-6977/CN:61-1281/TN]

卷:
期数:
2018年06期
页码:
1201-1206
栏目:
遗传育种·生理生化
出版日期:
2018-12-25

文章信息/Info

Title:
Establishment of molecular identity for rice variety of Yunjing series
作者:
管俊娇1; 杨晓洪1; 王江民1; 张鹏1; 黄清梅1; 白洁2; 余志慧3; 张建华1
（1.云南省农业科学院质量标准与检测技术研究所，云南昆明650205；2.云南省农产品质量安全中心，云南昆明650223；3.云南省农业科学院农业经济与信息研究所，云南昆明650205）
Author(s):
GUAN Jun-jiao1; YANG Xiao-hong1; WANG Jiang-min1; ZHANG Peng1; HUANG Qing-mei1; BAI Jie2; YU Zhi-hui3; ZHANG Jian-hua1
（1.Institute of Quality Standard and Testing Technology, Yunnan Academy of Agricultural Sciences, Kunming 650205, China;2.Yunnan Agricultural Products Quality and Safety Center, Kunming 650223, China;3.Institute of Agricultural Economy and Information, Yunnan Academy of Agricultural Sciences, Yunnan Kunming 650205, China）
关键词:
水稻; SSR分子标记; 品种分子身份证
Keywords:
rice; SSR molecular marker; variety molecular identity
分类号:
S511.023
DOI:
doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2018.06.001
文献标志码:
A
摘要:
采用SSR 分子标记技术建立云南省163个粳稻品种指纹图谱，针对云粳系列水稻品种进行二次引物筛选，筛选出最佳引物组合，构建35个云粳系列水稻品种的分子身份证。利用30对SSR多态性引物，对35个云粳系列水稻品种进行等位基因多样性和聚类分析。共检测到等位基因133个，每对引物检测到的等位基因数为 1～9个之间，平均为4个。基因多样性指数变异范围为 0～074，平均为040；多态信息含量（PIC）的变异范围为 0～072，平均为036。根据引物扩增等位基因数和多态信息含量（PIC） 指数，从1 对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合，最终确定 5对核心引物可以区分全部供试品种。基于供试品种5个 SSR 位点指纹图谱的编码和品种商品信息，构建云粳系列水稻品种分子身份证，使每份种质具有可辨的分子身份证，达到了利用最少引物区分云粳系列水稻品种的目的。
Abstract:
A fingerprinting database was established containing 163 japonica rice varieties from different breeding organizations of Yunnan province with microsatellite markers. Based on genetic fingerprints, the best primer combinations were selected for Yunjing series rice varieties, then the molecular identity(ID) of 35 Yunjing series rice varieties was constructed. The genetic diversity and cluster analysis of 35 varieties were discussed using 30 pairs of polymorphic SSR markers. The total number of alleles detected from all tested 35 accessions was 133, and the alleles per locus ranged from one to nine with the mean value of four. The Nei’s gene diversity indices varied from 0 to 0.74 with an average of 0.40. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0 to 0.72 with the average of 0.36. Based on number of alleles and PIC index， more and more loci were added to distinguish all the accessions， and five core primers were used to establish molecular ID of all tested varieties. Based on the codes of genetic fingerprints at five loci and the variety commodity information, a molecular ID was established. Therefore, each germplasm has identifiable molecular ID, and the purpose of distinguishing the Yunjing series rice varieties using the least primers is achieved.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-03-06 基金项目：云南省科技人才和平台计划项目（2017HB087）;云南省农业基础研究联合专项（YJQ201703）；植物品种DUS测试能力提升项目（2017YB26405） 作者简介：管俊娇（1985-），女，云南石屏人，硕士，副研究员，主要从事作物品种与种子质量检测技术研究。(E-mail)guanjunjiao@163.com 通讯作者：张建华，(E-mail)zhjhua6748@163.com
更新日期/Last Update: 2018-12-28