[1]郭向萌,张亚平,付鹏程,等.枣树基因组中转座元件分析[J].江苏农业学报,2017,(02):412-416.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2017.02.027]
 GUO Xiang-meng,ZHANG Ya-ping,FU Peng-cheng,et al.Analysis of transposable elements in jujube genome[J].,2017,(02):412-416.[doi:doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2017.02.027]
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枣树基因组中转座元件分析()
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江苏农业学报[ISSN:1006-6977/CN:61-1281/TN]

卷:
期数:
2017年02期
页码:
412-416
栏目:
园艺
出版日期:
2017-04-30

文章信息/Info

Title:
Analysis of transposable elements in jujube genome
作者:
郭向萌张亚平付鹏程押辉远
(洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳471022)
Author(s):
GUO Xiang-mengZHANG Ya-pingFU Peng-chengYA Hui-yuan
(College of Life Science in Luoyang Normal University,Luoyang 471022,China)
关键词:
枣树(Ziziphus jujuba Mill.)基因组转座元件
Keywords:
jujube(Ziziphus jujuba Mill.)genometransposable element
分类号:
S665.1
DOI:
doi:10.3969/j.issn.1000-4440.2017.02.027
文献标志码:
A
摘要:
转座子是基因组演化的重要因素。为了探明转座子在枣树(Ziziphus jujuba Mill.)基因组演化中可能的作用,采用生物信息学工具对枣树基因组中的转座元件进行分析。结果表明,所有转座元件占枣树基因组的2338%,其中DNA转座子占860%(包括034%的MITEs)、LTR反转录转座子占1223%、Non-LTR反转录转座子占230%、内源性反转录病毒占025%。系统进化树分析结果表明,MITEs和LTR反转录转座子在演化过程中进行过复制和扩增,这说明转座子的活动和枣树基因组的进化是相关的。本研究将有助于研究枣树基因组的遗传多样性及进行相关种质资源的鉴定。
Abstract:
Transposable elements (TEs) play important roles in plant genome evolution. Bioinformatics tools were used to analyze the TEs in jujube genome in this study. The TEs accounted for 2338% of jujube genome,including 860% DNA transposons,1223% LTR-retrotransposons,230% Non-LTR retrotransosons and 025% endogenous retrovirus. The phylogenetic analysis revealed that these TEs had been amplified previously, suggesting that transposable elements activities are relevant to the evolution of jujube genome.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期:2016-11-25 基金项目:国家青年科学基金项目(30800204);河南省科技攻关项目(152102310346) 作者简介:郭向萌(1980-),男,河南洛阳人,硕士,讲师,主要从事枣树功能基因组研究。(Tel)13837984812;(E-mail)23511243@qq.com
更新日期/Last Update: 2017-05-02